David Airault

Création et développement d'une activité de prestation bioinformatique spécialisée en microbiologie appliquée et détection moléculaire.

-Développement d'un pipeline propriétaire de détection de gènes microbien sur reads bruts, sans assemblage

-Design de primers PCR/qPCR spécifiques

localisation sur Lyon en 2019 et 2020, puis sur Nantes à distance

Cinq ans de missions de prestation en bioinformatique, principalement chez bioMérieux (diagnostic in vitro) et Lesaffre (biotechnologies).

Chez bioMérieux Clinical Studies : Récupération automatisée de séquences bactériennes depuis le NCBI (e-utilities), intégration et contrôle qualité dans une base de référence de typage (EpiSeq) avec évaluation de la divergence des séquences entrantes et recalibration des seuils de classification.

En mission interne Soladis : réponses à des besoins clients ponctuels: design de primers PCR, quantification de protéines, analyses bioinformatiques sur mesure.

Chez bioMérieux Augmented Diagnostic (~3,5 ans) : développement d'un pipeline complet d'assemblage et de caractérisation génomique bactérienne à partir de reads bruts Illumina. Le pipeline produisait des profils de variants et des typages de souches pathogènes (via allele calling BioNumerics) utilisés comme données d'entrée pour un modèle de machine learning visant à identifier les marqueurs moléculaires minimaux pour la détection PCR de bactéries pathogènes (projet GenUP Tracker, bioMérieux). Développement Nextflow/Snakemake, gestion via BitBucket, déploiement AWS, Industrialisation du code et support bioinformatique pour d'autres équipes.

Chez Lesaffre : construction d'un pangénome de levures propriétaires et intégration de variant calling pour la caractérisation du core genome vs accessory genome.

Intégration à la team Bioscience pour le développement et la maintenance de nouvelles fonctionnalités sur la plateforme SeqOne (analyse NGS clinique). Développement de pipelines Nextflow, interactions avec l'API de la plateforme.